Centrinė Vilkaviškio vyskupijos institucija yra vyskupijos kurija, kurią sudaro įstaigos ir asmenys, padedantys vyskupui vadovauti vyskupijai, ypač jos sielovadai, ir tvarkyti vyskupijos administracinius reikalus bei vykdyti teisinę galią. Administruoti vyskupiją ir rūpintis jos sielovada vyskupui padeda ir kiti veiklos institutai įsikūrę Pastoraciniame centre.

Nors vyskupijos centras ir katedra tradiciškai išlikę Vilkaviškyje, kurija įrengta netoliese – už 23 km – esančioje Marijampolėje, kuri po Alytaus yra antrasis pagal dydį vyskupijos miestas.

Bažnytinis teismas daugiausia nagrinėja santuokų negaliojimo bylas. Pagal bažnytinės teisės normas yra suformuota Ekonomo tarnyba.

Vyskupijos socialinius ir karitatyvinius uždavinius sprendžia Caritas, kuris darbuojasi keturiose plotmėse: socialinėje, mokymo-ugdymo, šeimos ir vaiko, ligonių.

Vaikų ir jaunimo veiklą koordinuoja Jaunimo centras, o Katechetikos centras rūpinasi su tikybos dėstymu susijusiais klausimais.

Parapijinės katechezės ir religinio švietimo centras padeda organizuoti vaikų, paauglių, jaunimo ir suaugusiųjų katechezę, teikiant parapijoms pedagoginę bei metodinę pagalbą.

Šeimos centras rengia jaunimą krikščioniškam gyvenimui santuokoje ir teikia įvairiapusę pagalbą šeimoms.